В будущем Дезмонд, Люси, Шон и Ребекка прибывают в Монтериджони. Они должны пройти подземные туннели и устроить укрытие в Святилище под виллой Аудиторе для того, чтобы найти Яблоко Эдема и остановить надвигающуюся катастрофу. Из воспоминаний Эцио становится ясно, что тот спрятал яблоко Эдема под Колизеем в Риме. Команда отправляется туда, чтобы забрать яблоко, они проходят катакомбы, и находят искомое. Как только Дезмонд взял в руки яблоко, оно овладело им и заставило ударить Люси скрытым клинком в область живота. Оба они падают без сознания. После, два неизвестных находят героев и подключают Дезмонда к «Анимусу», так как тот был в состоянии сильнейшего шока, а спасти его можно было только так. В конце дополнения «The Da Vinci Disappearance» из разговора незнакомцев становится ясно, что одного из них зовут Уильям (вероятно, тот, с которым переписывалась Люси), а Дезмонд впал в кому.